Como órgão coordenador e executor da política de educação especial do Estado, suas estratégias de sustentabilidade estão fundamentadas em seus objetivos sociais e na responsabilidade que tem de definir os rumos da educação especial em Santa Catarina.

Para concretizar seus objetivos e em consonância com a sua missão , a FCEE conta com 13 Centros de Atendimento Especializados, que são espaços de estudos, discussões e pesquisas em suas respectivas áreas de atuação. A clientela dos Centros é composta por pessoas com deficiência (visual, auditiva, mental, motora e múltipla), transtornos globais do desenvolvimento e altas habilidades/superdotação.

Por meio de seu trabalho, a FCEE beneficia não só os usuários de seus serviços, mas milhares de pessoas em todo o estado que dependem das políticas públicas para serem incluídas com qualidade de vida.

CENAE - Centro de Avaliação e Encaminhamento

Realiza avaliações diagnósticas em pessoas com indicativos de deficiência mental, trantornos globais do desenvolvimento e/ou atraso no desenvolvimento neuropsicomotor.

CENAP - Centro de Ensino e Aprendizagem

Desenvolve propostas pedagógicas para serem implantadas nos Serviços Pedagógicos  Específicos (SPE), Centros de Atendimento Educacional Especializados em Educação Especial (CAESPs) e Serviços de Atendimento Educacional Especializados (SAEDE), nas áreas da Deficiência  Mental/DM  e Transtorno Global do Desenvolvimento - TGD.

CEDUF - Centro de Educação Física

Direciona suas ações ao aprimoramento da educação física realizada com pessoas com deficiência, condutas típicas e altas habilidades/superdotação, visando principalmente à promoção, ao fomento e ao desenvolvimento esportivo, à saúde e à qualidade de vida e à capacitação técnico-científica e da educação física escolar.

CENER - Centro de Reabilitação Ana Maria Philippi

Trabalha na reabilitação de pessoas com deficiência intelectual ou transtorno global do desenvolvimento associados à deficiência neuromotora e/ou transtornos da linguagem. Desenvolve trabalhos multidisciplinares e interdisciplinares, abordando a pessoa de forma global.

CETEP - Centro de Tecnologias Assistivas

Com objetivo de ampliar, modernizar e democratizar os recursos tecnológicos no âmbito da educação especial, proporciona condições para que pessoas com deficiência e condutas típicas experimentem com independência e autonomia o processo de ensino-aprendizagem, por meio de tecnologias assistivas e da informática educativa.

CEVI - Centro de Educação e Vivência

Tem como público-alvo adolescentes, adultos e adultos em processo de envelhecimento com deficiência mental, com a finalidade de proporcionar  vivências  que  os  conduzam  à  uma  melhoria  na qualidade de vida, através de apoios multidisciplinares e atividades que priorizam a saúde, a socialização e o lazer.

CENET - Centro de Educação e Trabalho

Desenvolve metodologias na área da educação profissional, implementando políticas de inclusão da pessoa com  diagnóstico  de  deficiência  e/ou  transtorno  global  do desenvolvimento - TGD, com idade igual ou superior a 14 anos.

CAS - Centro de Capacitação de Profissionais da Educação e de Atendimento às Pessoas com Surdez

Visando à inclusão do surdo nos diferentes contextos, o CAS tem como objetivo promover estudos, pesquisas e capacitações na área da surdez, aspectos do ensino da LIBRAS, Português como segunda língua, de metodologias de atendimento e na reabilitação auditiva.

CAP - Centro de Apoio Pedagógico e Atendimento às Pessoas Deficientes Visuais

Define e coordena a política na área visual (cego e baixa visão), sendo responsável pelos serviços de apoio pedagógico, suplementação didática ao sistema de ensino e reabilitação visual e adaptação de prótese ocular em todo o Estado.

NAAH/S - Núcleo de Atividades de Altas Habilidades/Superdotação

Define e coordena a política de atendimento a alunos com Altas   Habilidades/Superdotação no Estado. É constituído de três unidades: atendimento ao professor; atendimento ao aluno; apoio à família.